格鲁派有六大根本道场，它们是甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺、扎什伦布寺、塔尔寺和拉卜楞寺。除了塔尔寺和拉卜楞寺外，其他的四大寺院都是宗喀巴和宗喀巴的弟子创建的。
甘丹寺，全称甘丹南巴嘉哇林，位于拉萨以东40公里处，为1409年宗喀巴举行大传昭法会以后开始创建，历时一年多就建成了，应该说这是格鲁派的首寺。
大传昭后，格鲁派的声名如日中天，可是教派居然还没有自己的立足之地，于是宗喀巴开始筹建寺院。他带着徒弟前往卓山去查看建寺地址，并详细训示了建寺要注意的事项。听说宗喀巴要建寺，当地贵族头人纷纷捐钱捐物。动土当年，甘丹寺就初具规模，建成大经堂、宗喀巴寝宫、内殿、僧舍70多间，其他殿堂僧舍也都奠基完毕。1410年2月 25 日，宗喀巴被迎至甘丹寺，为该寺主持盛大的开光仪式。从此宗喀巴师徒都搬到这里居住，以此为基地，发展格鲁派。
在此后一年多的时间里，甘丹寺附属建筑越修越多，僧人也越聚越多，从开始的 500 僧众发展到 3000 多人。1415 年夏，甘丹寺又新建了央坚佛殿,殿中主尊为讲述戒律的释迦牟尼大黄金像，还新建了3座坛城和央坚曲杰神殿的主尊金刚畏怖、具誓法会和明妃像,开光仪式后,创立了“甘丹寺大修供法事仪轨。宗喀巴圆寂后，其肉身银塔藏于甘丹寺。
因宗喀巴为格鲁派创始人，又为甘丹寺首任法台，此后甘丹寺法台都要选拔最有学问的僧人担任，至今共传 96 任，为格鲁派法主。甘丹赤巴的地位很高，在后来西藏政教合一的地方政权中也享有一席之地。
格鲁派的飞速发展，一个甘丹寺远远不能满足僧众人寺学经的要求，宗喀巴又嘱弟子加央曲杰另行择地筑寺。加央曲杰是富家子弟，与许多贵族关系密切。他受命建寺后，四处化缘，很快募得大量资财，其中帕竹政权的南喀桑布为主要施主。1416 年，哲蚌寺开始动工。宗喀巴和当地贵族头人都来到拉萨西郊的更不乌孜山脚下，参加了盛大的奠基仪式。两年以后，在那片空旷的山坡上，建成了一座规模宏大的寺宇，规模比甘丹寺大得多。除了大经堂外，还有多门院、明慧洲、广乐院、霞廓院、闻思洲、调伏洲和密咒院等7个僧院，每个僧院下还有一二十个康村，可容纳数千僧人学经，号称 7700僧人，实际上鼎盛时常常超出这个数字。整个寺庙屋宇毗联，重楼叠阁，远在十里之外，就能看到一大片白色的雄伟建筑。加央曲杰做了哲蚌寺的首任住持，帕竹王朝的许多贵族拨出土地和农奴，送给哲蚌寺作为寺产，他们的子弟也送到这里来学经。哲蚌寺渐渐变成贵族、富商子弟云集学经的地方，经济势力也日益扩大。很快，哲蚌寺的名望和实力都超过了甘丹寺，成为格鲁派的第一大寺。
色拉寺的全名是“曲德钦波色拉特钦林”(意为大寺院色拉大乘洲)这是因为寺院周围有许多刺树环绕，所以起名色拉寺，意为刺蘑园寺。色拉寺是由大慈法王释迦也失兴建的。
1419年,宗喀巴的弟子释迦也失被明朝皇帝封为大慈法王后,返回西藏他将师父宗喀巴迎请到自己住的色拉却典小住，宗喀巴看了这雪山环绕之地说，这里应该修一座讲修密宗续部的寺院。按照宗喀巴的指示，释迦也失当年就动工，其资金一部分来自大皇帝的赏赐，一部分由帕竹政权南喀桑布的布施。经过两年的时间，修起了大经堂和后殿，释迦也失将他从内地带回来的十八罗汉和朱砂版大藏经供奉在里边。后来又修起了堆巴、麦巴、甲仲顶4个扎仓。色拉寺的法轮就由大慈法王转动起来了。
在此后十几年里，宗喀巴的小弟子根敦珠巴到后藏来传教，身边渐渐聚起一大批弟子，于是他们也开始创建寺院。根敦珠巴为筹集资金，四处讲经募化，后来得到当地头人班觉桑布的资助，才最终将寺庙建起来，历时十多年。开始，这座寺庙取名为“康建曲批”，意为雪域兴佛，寺庙建成后，根敦珠巴才将名称改为扎什伦布(简称扎寺)，意为吉祥须弥。1447年，随着第一尊释迦牟尼像被迎进后殿，扎寺举行了盛大的开光仪式。扎寺共有4个显密扎仓，初始只有 100 多人，发展到极盛时有5000多人，但一般的说法是扎寺僧人为 3800 人。