这是雕刻了一个朝代的皇家石窟，这是被联合国科教文组织世界遗产委员会评价为“中国佛教艺术第一个巅峰时期的经典之作”，这是被日本人疯狂为之强行、调查、测绘的石窟。
云冈石窟位于山西省大同市的武州山下，其开凿于北魏都平城时期，是由皇室和高僧经营的国家石窟大寺。公元460年，由著名禅僧沙门统昙曜主持雕造，开凿工程一直进行了60余年，连北魏迁都都不曾终止，直至公元524年六镇起义才结束。云冈石窟现存主要洞窟53 个，小龛1100 个，造像5 万余躯，是北魏时代规模最大的石窟寺。云冈之西还有鲁班窑、吴官屯和焦山石窟，是东西绵延15 千米的云冈附属小石窟。
生活在与石窟开凿同一朝代的旅行家郦道元曾游历于此，他在《水经注》卷十三《漯水》中记载：“武周川水又东南流，水侧有石祇洹舍并诸窟室，比丘尼所居也。其水又东转，迳灵岩南，凿石开山，因崖结构，真容巨壮，世法所缔，山堂水殿，烟寺相望。”唐朝，律宗开山之祖在《续高僧传》则描绘了云冈石窟壮丽奇伟、冠于一世的风貌：“龛之大者，举高二十余丈，可受三千许人，面别镌像，穷诸巧丽，龛别异状，骇动人神，栉比相连三十余里。”
然而让众多的学者和历史学家耿耿于怀的事是学术界的一种说法：“云冈石窟在中国，云冈之学在日本”。当年，历史地理学家葛剑雄在国外的图书馆想了解云冈石窟，人家给推荐的且只有20世纪50年代日本人出的书，葛剑雄在国外见到的那套书，全名叫《云冈石窟——公元五世纪中国北部佛教石窟寺院的考古学调查报告》。这部书是1938～1944年日军占领晋北期间，以日本人水野清一、长广敏雄为首的京都大学调查队在云冈石窟先后调查7次，于1951～1956年由京都大学人文科学研究所陆续刊行的一套16卷的丛书。
这套《云冈石窟》只录有1711幅黑白照片，展示内容虽只是冰山一角，然而在过去的60多年里，全世界研究云冈石窟的学者都只能将其奉为圭臬。因为除此之外，再也找不到更全面、更高质量的云冈石窟影像记录了。
云冈石窟最早的调查与研究是日本东京大学的建筑学家伊东忠太。1902 年，伊东忠太到云冈石窟进行了考察，同年在东京《国华》杂志上发表了云冈考察报告，根据北魏建筑样式、北魏雕刻艺术形象，伊东忠太寻找到了日本文化的根源。云冈石窟的宏大壮丽、雕刻精美一下子吸引了世人的目光，这里成为国内外学者及美术家的一大巡礼地。众多的文物贩子来此盗割、售卖佛头，致使蔡元培先生不得不发电给阎锡山加强对云冈石窟的保护：“山西大同云冈石像，工程伟大，雕刻瑰奇，也龙门造像之前，集北朝美术之粹，久为世界有识者所称美。近闻被匪偷割，集诸市肆，名迹因以毁损，国宝日就销亡。”
众多的外国学者来到这里，或临摹抄录，或翻阅古籍，其中就包括日本东方文化研究所（京都大学人文科学研究所前身）水野清一、长广敏雄。
1937年9月13日，日军独立混成旅占驻大同，之后，丰镇、集宁、兴和、凉城、察南、绥东和晋北全部沦入日军手中。1939年日本在张家口合并组建了“蒙疆联合自治政府”，大同市属辽阔的蒙疆地带，此时成了日本人自由往来的地带。他们把大同市的四牌楼装饰成了日式风格，搭起了松枝楼，每户门上插上新旗子。云冈石窟驻有日本的警备队，云冈门前还有日本人开设的一个照相馆。水野清一、长广敏雄二人共同策划了对云冈石窟进行考古学调查的宏伟计划。他们组成了云冈调查班，从1938年始，对石窟进行了全面调查、记录、拍摄和测绘工作，实地调查工作持续至1944年，7年调查工作，可以说是随着侵华日军的脚步而开始与终止的。这些调查的背后是日本政府和日本军方的撑腰，并取得了伪晋北自治政府的支持。
调查拍摄中，昏暗的石窟内照明是最大的问题。他们利用光线折射的原理，三人一组，一人用镜子将太阳光通过石窟明窗反射到石窟内，石窟内另一个也用镜子将光线反射到要拍摄的部位，另一个人就可以拍摄了。这样的拍摄工作持续了7年。
实测工作也是别出心裁。他们首先搭起脚手架，用长钓鱼竿改造成测量杆来测理，竿子系上一定长度的细绳和卷尺，细绳的末端系上重的垂球，然后利用几组细绳和垂球之间形成的水平面之间的距离关系，来测量石佛的立体构成情况。
抗战结束后，他们转入室内整理和报告的编写工作，到1951～1956 年，水野清一、长广敏雄以京都大学人文科学研究所研究报告的形式，陆续刊布了16 卷32 册大型考古学报告《云冈石窟——公元五世纪中国北部佛教石窟寺院的考古学调查报告》，这套丛书还曾获得过“天皇奖”，据说他们二人还曾想申报世界和平奖。而长广敏雄还写了一本《云冈日记：战争时期的佛教石窟调查》一书。
他们二人在进行实地调查、拍摄和测绘的同时，也对云冈石窟的9、10、19、20等窟进行了盗掘，至1944年共进行7次。他们从中国陆续取回了有关龙门、云冈的石窟资料5600件，石刻资料8000件，数量之巨，实属惊人，这些文物，现在仍保存在该所东洋文献中心。
如今，在日本的大多数博物馆和美术馆里，都有云冈石窟的文物。一个高54.5厘米，原本应该在云冈石窟第14窟西壁上的拱尾返首兽雕像，如今属于日本的私人收藏。146厘米高，位于云冈石窟第16窟北壁上的交脚菩萨、27窟东壁上129.5厘米高的交脚菩萨及30窟西壁上132厘米的立佛像，分别收藏在美国纽约大都会博物馆、法国吉美博物馆。
像这样精美的云冈石窟雕像如今流落在海外的，至少有数百尊。而云冈石窟研究院2011年首次以明信片形式向社会公布的仅仅是16尊。这其中，就包括收藏于日本正木美术馆的菩萨手臂造像。
20世纪30年代，有个名叫常慧的文化调查者曾对云冈石窟造像进行过调查，当时云冈石窟佛像，尤其是佛头丢失现象严重。在常慧的调查结果中，有96个石质头像不见了!调查过程中，为了标注，佛像上涂了红色的油漆。云冈石窟佛像上至今还残留着淡淡的油漆颜色。
早在1902年，一名法国人用当时最为先进的照相机详细拍摄了云冈石窟的造像，并于1907年首次出版了介绍云冈石窟的一部画册。这是云冈石窟最早的影像资料，也是与现今尚存文物进行对比的重要依据。之后，包括日本人、法国人、瑞典人等在云冈石窟的摄影作品中发现，云冈石窟的完整性与法国人拍摄的已经有所差异了。
之后数年，一名叫赵邦彦(音)的学者调查后做出结论称：“在包括被盗、风化、破坏这三个因素作用下，云冈石窟有120 件佛像文物流失。”另有调查研究表明，流失到海外的云冈石窟造像约有300余件，主要分布在美、法、日等国家，尤其在日本最多。
2009年前，云冈石窟文物保管所调查的结果是，有1400多件石窟佛像由于各种原因流失或消失。当然，这其中也包括风化等各种因素。